在皮皮鲁的帮助下，舒克和贝塔成功击败了海盗，把海盗流放到了孤岛。当舒克和贝塔把机场交给了臭球和罗丘，准备回家时，却听到人们要用鼠药灭鼠，为了拯救鼠类，他们马上把消息通知了鼠王国，白路却要更恶毒地把鼠药放到人食物中去毒害人类。舒克和贝塔又把这消息通过登报告知人类，避免了一场灾难。白路听到此事后要通缉舒

舒克和贝塔成立了航空公司，罗丘、臭球等伙伴们都来了。由于臭球工作马虎，飞机发生了故障，后来舒克急中生智，将飞机迫降于树上，这才化险为夷。为了满足顾客需要，航空公司准备做冰淇淋，舒克与臭球经过一番周折，终于弄到了牛奶，可半路上被海盗所劫，真所谓出师不利。

小老鼠舒克，不愿有个小偷的坏名声，驾驶玩具直升飞机离家出走，决心要靠自己的劳动生活，一路上他救了小蚂蚁，帮助了蜜蜂运蜜，为受到欺侮的小麻雀打抱不平等等，做了不少有益的事，结识了许多朋友，受到朋友们的信赖。当舒克遇到危急的时候，得到了伙伴们真诚的帮助。

海盗大败而逃，舒克缴获两架敌机。正当舒克学会驾驶新飞机时，海盗又来机场，这次空战中眼看这舒克寡不敌众时，臭球也驾驶着另一驾缴获的飞机去帮舒克。但是臭球没飞多久便由于失速，险些造成“机毁鼠亡”。幸好臭球及时跳伞。捡回了一条命。舒克也在城市里被击落，于是便顺路来到了皮皮鲁家，皮皮鲁支援了舒克大批飞机。

这时，舒克的飞机被海盗所劫持。而且海盗还打算占领机场。舒克在机上支开了海盗并用电台同知了机场，叫机场做好准备。当飞机降落时海盗王遭到了彻底打击，舒克为庆祝胜利举行了舞会，而海盗则带着小喽罗们越狱逃走了。

贝塔也是一只小老鼠，花猫咪丽一直想捕捉他。但是有一天贝塔发现了一辆玩具坦克，贝塔便不怕咪丽了，而且还去抢咪丽的食物吃。但后来贝塔有点可怜咪丽了，于是便开着玩具坦克离开了家。到了外面，有一群小麻雀在议论坦克，贝塔误以为小麻雀在骂他，便对着小麻雀开了一炮，不小心打伤了小麻雀。舒克开了直升机来打抱不平，把

世界各大洋接连出现神秘海怪，引发恐慌传言海洋面临灾难。各国潜艇前往追踪海怪，科研潜艇阿力侦测到奇怪信号，深入海底秘境，却发现传说中能将海水转化成动力的“鹦鹉螺号”潜艇。 为了解开这些谜团，阿力和伙伴们开始了海底两万里的漫游探险。

罗丘被关铁笼内，幸好皮皮鲁及时赶来相救，并把一架豪华型客机送给舒克贝塔航空公司。当舒克驾驶客机营送旅客时遇到了海盗袭击，舒克巧妙地摆脱海盗返航机场。当们庆幸时天空中又出现了海盗机群。

舒克和贝塔巧妙地击落了几架海盗飞机，胜利地保卫了旅客和机场。海盗不甘心自己失败，又去偷来一些新飞机，准备再次袭击机场。舒克和贝塔向皮皮鲁求援，他们用秘密武器——磁铁，再次击败了海盗。

小潜艇阿力前往海底深处执行任务，遭遇史无前例的意外事件。小鲨鱼梅莎拒绝成为爸爸独眼鲨那样鱼见鱼怕的海底霸王，内心幻想成为小潜艇阿力一样的海底英雄。她无意之中得到的神秘宝盒，却把爸爸独眼鲨变回了童年的模样。当宝盒离奇失踪后，海底游乐场惊现神秘大怪物……为探寻谜底拯救海底世界，小潜艇带着超萌小动物们一起