故事描述在学生们不停决斗以决定阶级的学园岛上，男主角筱原绯吕斗于学园岛入学测验以历代最佳成绩脱颖而出，又于转学首日，击败去年的绝对王者「彩园寺更纱」。以学园岛史上最快的速度夺得了君临顶点的「7星」……这一切当然全是一场骗局。能将内心想法完全隐藏的筱原绯吕斗，为了在学园岛达成自身目的，不惜撒谎也得继续

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　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。                                 &