在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子配音）和真里（坂本真绫配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美配音），但绝对禁止

在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新

因为工作的缘故，光月未梦（名冢佳织 配音）的父亲和母亲要远赴美国，两人将未梦托付给了西园寺家，在那里，未梦结识了西园寺家的儿子西园寺彷徨（三瓶由布子 配音）。之后，彷徨的父亲又因故外出，留下未梦和彷徨看家，就这样，两人开始了朝夕相处的生活。

十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校

安达充（川名浩介饰）是一个正在读高三的学生，他学习优秀，容貌清秀，不过因性格内向鲜少朋友。充的心中藏着不为人知的秘密，他深深爱恋着自己的级任老师堀田纪子（大竹一重饰）。这份感情无法自已，他甚至经常打去匿名电话向老师表达爱意。然而纪子对这样的骚扰不胜其烦，此外她早已和同校的体育老师森本（冲田浩之饰）相

　　在名为丹波筱山的乡下私塾里教书的中年男子波多野和郎（仲村亨 饰），为了寻找业已毕业却下落不明的学生广濑由加里（南泽奈央 饰），而只身回到了阔别已久的大都会动静。12年前，波多野曾是名门学校敬爱女子学园的教师，因与学生手冢雅子（小西真奈美 饰）相恋而被迫离开教师队伍，后更与雅子分别逃离了东京。在东

无垠的大海之中，一只因化学污染而导致基因变异的巨型鲨鱼，正在水下横行肆虐……经营化工厂的大老板杜衡想收购渔场开发海洋世界，为此在赌场下套，使渔场老板林海洋欠下大笔赌债。而林海洋正巧因为渔场被杜衡的化工厂污染一事，找上了杜衡的公司，却遭到了殴打和软禁。林海洋之子林凯孤身前去营救，偶遇了在暗中调查化工厂

本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。