故事接续第一集，当初在篮球场上风光驰骋的神犬Buddy，如今来到了足球场！男孩Josh如今升上了中学，由于他的单亲妈妈爱上了镇上新来的兽医Patrick Sullivan，无法接受的Josh不想一直待在家里面对妈妈，便和好朋友 Tom 加入学校的足球队，后来就连他的爱犬Buddy居然也成为球队的一员

围绕蟹黄堡的神秘配方，痞老板和蟹老板展开了新一轮的战争。虽然海绵宝宝成功挫败痞老板的猛烈攻势，但是却依然中了对方的诡计。关键时刻，配方凭空消失，直接后果便是导致没人能再做出蟹黄堡。对于日常极度依赖蟹黄堡的比奇堡的居民来说，这一消息无异于晴天霹雳。小镇的宁静荡然无存，海底世界陷入末世般的混乱与动荡之中