由於身懷特殊能力，一個名叫宮的女孩被僱傭兵追殺。在逃跑的路上，她碰巧遇到出生在忍者世家中的石動律花。這些忍者一直隱居在僻靜之地，石動律花和她的祖父兵衛，也就是忍者家族的首領，決定為宮提供庇護，但親眼看見父親被僱傭兵殺害的宮卻一心想要報仇…。

主人公朝仓陆有一天入手了了捷德升华器与奥特胶囊，得到了FUSION RISE(融合上升)变身成捷德奥特曼的力量。与此同时也知道自己继承了堕入邪恶的黑暗巨人贝利亚奥特曼的遗传基因。自己作为在地球长大的普通年轻人，知道了自己其实是贝利亚的儿子。捷德奥特曼，也就是朝仓陆的命运发生了巨大变化。新的光之巨人！