上一部结尾，尼奥（基努·李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔

童年时代的悲惨遭遇让迈克尔（瑞安·雷诺兹 Ryan Reynolds 饰）和父亲查尔斯（威廉·达福 Willem Dafoe 饰）之间有着深深的隔阂，如今已经是一位知名小说家的迈克尔刚刚完成了一本名叫《花园里的萤火虫》的小说，这本小说记载了他童年的全部伤痛。      

前美军特种部队炸弹专家史蒂芬·阿瑟·杨格正走向一条危险之途，作为穆斯林他不满美国对待阿拉伯国家的政策，于是策划发动恐怖袭击。他宣称在三个城市中分别安放了三颗小型原子弹，美国本土危在旦夕。FBI反恐部门女探员海伦·布洛迪负责调查此案，却在紧要关头发现军方以及一个神秘部门介入其中。她的小队连同极度危险的

尼奥探寻自己使命背后真相，为自己的行动寻找一个可以接受的理由。与此同时，矩阵系统决定先下手为强，派遣了为数25万的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地。尼奥他们决定再次潜入矩阵，从内部破坏它。在寻找矩阵系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，尼奥、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难：敌人的能力已升级，

尼奥探寻自己使命背后真相，为自己的行动寻找一个可以接受的理由。与此同时，矩阵系统决定先下手为强，派遣了为数25万的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地。尼奥他们决定再次潜入矩阵，从内部破坏它。在寻找矩阵系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，尼奥、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难：敌人的能力已升级，

前美军特种部队炸弹专家史蒂芬·阿瑟·杨格（麦克·辛 Michael Sheen 饰）正走向一条危险之途，作为穆斯林他不满美国对待阿拉伯国家的政策，于是策划发动恐怖袭击。他宣称在三个城市中分别安放了三颗小型原子弹，美国本土危在旦夕。FBI反恐部门女探员海伦·布洛迪（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Ann

米尼（妮基·瑞德 Nikki Reed 饰）恨透自己的母亲戴安娜（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）了，尤其是她开始和一个名叫马丁（亚历克·鲍德温 Alec Baldwin 饰）的男人同居后。看着母亲整日的沉溺于酒精之中，米尼的心里没有一丝怜悯，只剩下厌恶。   &nb

基努·里维斯、凯瑞-安·莫斯与拉娜·沃卓斯基确定回归[黑客帝国4]！沃卓斯基将执导这部由华纳打造的续作，并与Aleksander Hemon、大卫·米切尔共同撰写剧本。